문재인 대통령은 현 상황과 관련하여 두차례의 전화보고와 한차례의 서면보고를 받고, 필요한 조치를 지시한 후 09시 25분 위기관리센터에 직접 도착하여 해경·행안부·세종상황실 등을 화상으로 연결하여 상세보고를 받고 09시 31분 다음과 같이 지시하였다.

1. 현장의 모든 전력은 해경 현장지휘관을 중심으로 실종 인원에 대한 구조 작전에 만전을 기할 것.

2. 현재 의식불명의 인원에 대해 적시에 필요한 모든 의료조치가 취해지길 당부함.

3. 현장의 선박 및 헬기 등 많은 전력이 모여 있는데, 구조간 안전사고가 발생하지 않도록 유의할 것.

4. 신원이 파악된 희생자 가족들에게 빨리 연락을 취하고, 심리적 안정 지원과 기타 필요한 지원사항이 있는지 확인 및 조치할 것.

5. 필요시 관련 장관회의 개최를 행안부장관이 판단할 것.

6. 현장 구조작건과 관련하여 국민들이 한치의 의구심이 들지 않도록 필요한 사항에 대해 적극적으로 언론에 공개하여 추측성 보도로 혼란이 생기지 않도록 할 것.

문대통령은 이에 더해 "지금 현재 총력을 다하고 있는데 그래도 정부가 추가로 지원할 것이 있으면 현장에 가서 상황을 파악하고 건의할 것"을 김부겸 행안부장관에게 지시했고, "실종자 3명이 선상내에 있을 가능성도 있지만 해상표류의 가능성이 있으므로 항공기·헬기 등을 총동원하여 광역항공수색을 철저히 할 것"을 해경청장에게 지시했고, "안전조끼를 입고 있는 것으로 파악되고 있으므로 아직까지 생존가능성이 있으니 마지막 한명까지 생존 가능성을 염두해두고 혼신의 노력을 다해줄 것"을 당부하였다.